Method List
Search:
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#<=> Bio::DB::Primer3::Primer3Record
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#<=> Bio::PolyploidTools::Marker
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#<=> Bio::DB::Primer3::PrimerPair
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#add_alignments Bio::PolyploidTools::ExonContainer
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#add_chromosome_arm Bio::PolyploidTools::ExonContainer
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#add_exon Bio::PolyploidTools::SNP
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#add_parental Bio::PolyploidTools::ExonContainer
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#add_primers_file Bio::DB::Primer3::KASPContainer
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#add_record Bio::DB::Primer3::SNP
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#add_snp Bio::DB::Primer3::KASPContainer
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#add_snp Bio::PolyploidTools::ExonContainer
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#add_snp_file Bio::PolyploidTools::ExonContainer
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#add_snp_file Bio::DB::Primer3::KASPContainer
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align Bio::DB::Exonerate
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align Bio::DB::Blast
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align Bio::Blat
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#align_markers Bio::PolyploidTools::ArmMap
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#aligned_sequences Bio::PolyploidTools::SNP
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#aligned_sequences Bio::PolyploidTools::NoSNPSequence
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#aligned_sequences_fasta Bio::PolyploidTools::SNP
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#aligned_snp_position Bio::PolyploidTools::SNP
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#almost_chromosome_specific Bio::PolyploidTools::PrimerRegion
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#almost_chromosome_specific_in_mask Bio::PolyploidTools::PrimerRegion
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#almost_crhomosome_specific_intron Bio::PolyploidTools::PrimerRegion
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#avg_cov_bulk_1 Bio::BFRTools::BFRRegion
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#avg_cov_bulk_2 Bio::BFRTools::BFRRegion
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#base_count_for_base Bio::BFRTools::BFRRegion
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#base_ratios_for_base Bio::BFRTools::BFRRegion
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#bases_bulk_1 Bio::BFRTools::BFRRegion
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#bases_bulk_2 Bio::BFRTools::BFRRegion
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#best_hit Bio::PolyploidTools::Marker
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#best_pair Bio::DB::Primer3::Primer3Record
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#bfr Bio::BFRTools::BFRLine
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#bfrs Bio::BFRTools::BFRRegion
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#bulk_1 Bio::BFRTools::Container
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#bulk_1_name Bio::BFRTools::Container
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#bulk_1_ratio Bio::BFRTools::BFRLine
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#bulk_1_sam Bio::BFRTools::Container
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#bulk_1_sequence Bio::BFRTools::BFRRegion
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#bulk_2 Bio::BFRTools::Container
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#bulk_2_name Bio::BFRTools::Container
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#bulk_2_ratio Bio::BFRTools::BFRLine
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#bulk_2_sam Bio::BFRTools::Container
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#bulk_2_sequence Bio::BFRTools::BFRRegion
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#chr Bio::PolyploidTools::Marker
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#chr Bio::PolyploidTools::SNPMutant
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#chr_arm Bio::PolyploidTools::Marker
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#chromosome Bio::DB::Primer3::Primer3Record
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#chromosome Bio::PolyploidTools::ArmMap
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#chromosome Bio::DB::Primer3::SNP
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#chromosome Bio::PolyploidTools::SNP
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#chromosome_genome Bio::PolyploidTools::SNP
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#chromosome_genome Bio::PolyploidTools::SNPMutant
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#chromosome_group Bio::PolyploidTools::SNPMutant
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#chromosome_group Bio::PolyploidTools::SNP
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#chromosome_sequence Bio::PolyploidTools::ExonContainer
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#chromosome_specific Bio::PolyploidTools::PrimerRegion
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#chromosome_specific_in_mask Bio::PolyploidTools::PrimerRegion
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#chromosomes Bio::PolyploidTools::ExonContainer
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#common_primer Bio::DB::Primer3::SNP
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#container Bio::PolyploidTools::SNP
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#contig Bio::PolyploidTools::Marker
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#contig Bio::PolyploidTools::SNP
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#contig Bio::PolyploidTools::SNPMutant
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#coordinates_chr Bio::PolyploidTools::Marker
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#count_ambiguities String
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#count_deletions_around Bio::PolyploidTools::NoSNPSequence
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#coverages_1 Bio::BFRTools::BFRRegion
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#coverages_2 Bio::BFRTools::BFRRegion
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#covered_region Bio::PolyploidTools::SNP
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#crhomosome_specific_intron Bio::PolyploidTools::PrimerRegion
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#cut_and_pad_sequence_to_primer_region Bio::PolyploidTools::SNP
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#cut_sequence_to_primer_region Bio::PolyploidTools::SNP
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#distance_cm Bio::PolyploidTools::Marker
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#errors Bio::PolyploidTools::SNP
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#exon? Bio::DB::Primer3::Primer3Record
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#exon_for_chromosome Bio::PolyploidTools::SNP
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#exon_list Bio::PolyploidTools::SNP
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#exon_on_gene_position Bio::DB::Exonerate::Alignment
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#exon_sequences Bio::PolyploidTools::SNP
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#fasta_string_for_snp Bio::PolyploidTools::ExonContainer
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find_end Bio::PolyploidTools::Mask
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#find_left_primer_temp Bio::DB::Primer3::SNP
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#find_left_tm Bio::DB::Primer3::Primer3Record
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#find_primer_pair_first Bio::DB::Primer3::SNP
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#find_primer_pair_second Bio::DB::Primer3::SNP
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find_start Bio::PolyploidTools::Mask
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#first_primer Bio::DB::Primer3::SNP
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#first_product Bio::DB::Primer3::SNP
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#flanking_size Bio::PolyploidTools::ExonContainer
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#flanking_size Bio::PolyploidTools::SNP
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#found_primers? Bio::DB::Primer3::SNP
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#full_sequence Bio::PolyploidTools::SNPMutant
-
#full_sequence= Bio::PolyploidTools::SNPMutant
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#g Bio::DB::Exonerate::Alignment
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#gene Bio::DB::Primer3::SNP
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#gene Bio::PolyploidTools::SNP
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#gene_model_sequence Bio::PolyploidTools::ExonContainer
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#gene_models Bio::PolyploidTools::ExonContainer
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#gene_models_db Bio::PolyploidTools::ExonContainer
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#genomes_count Bio::PolyploidTools::SNP
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get Bio::PolyploidTools::Mask
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getArmSelection Bio::PolyploidTools::ChromosomeArm
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getValidFunctions Bio::PolyploidTools::ChromosomeArm
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#get_base_in_different_chromosome Bio::PolyploidTools::NoSNPSequence
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#get_bfr_line Bio::BFRTools::BFRRegion
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#get_bfr_lines Bio::BFRTools::BFRRegion
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#get_region Bio::BFRTools::BFRContainer
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#get_snp_position_after_trim Bio::PolyploidTools::SNP
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#get_target_sequence Bio::PolyploidTools::SNP
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#global_reference Bio::PolyploidTools::ArmMap
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#hit_count Bio::DB::Primer3::SNP
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#hit_count Bio::PolyploidTools::SNP
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#homoeologous Bio::PolyploidTools::PrimerRegion
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#homoeologous? Bio::DB::Primer3::Primer3Record
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#ideal_max Bio::PolyploidTools::SNP
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#ideal_min Bio::PolyploidTools::SNP
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#identity Bio::DB::Exonerate::Alignment
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#index_90k Bio::PolyploidTools::Marker
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#init_counters Bio::BFRTools::BFRContainer
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#initialize Bio::DB::Primer3::Primer
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#initialize Bio::PolyploidTools::ArmMap
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#initialize Bio::DB::Primer3::PrimerPair
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#initialize Bio::PolyploidTools::Marker
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#initialize Bio::DB::Primer3::SNP
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#initialize Bio::PolyploidTools::PrimerRegion
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#initialize Bio::BFRTools::BFRRegion
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#initialize Bio::PolyploidTools::ExonContainer
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#initialize Bio::DB::Primer3::Primer3Record
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#initialize Bio::DB::Exonerate::Vulgar
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#initialize Bio::PolyploidTools::SNP
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is_unambiguous Bio::NucleicAcid
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is_valid Bio::NucleicAcid
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#join Hash
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#label Bio::DB::Exonerate::Vulgar
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#left Bio::DB::Primer3::PrimerPair
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#left_coordinates Bio::DB::Primer3::Primer3Record
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#left_padding Bio::PolyploidTools::SNP
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#left_primer Bio::DB::Primer3::Primer3Record
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#left_primer_snp Bio::DB::Primer3::Primer3Record
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#left_primer_with_coordinates Bio::DB::Primer3::Primer3Record
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#library Bio::PolyploidTools::SNPMutant
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#line Bio::DB::Exonerate::Alignment
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#line Bio::DB::Primer3::Primer3Record
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#line_1 Bio::DB::Primer3::SNP
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#line_1 Bio::DB::Primer3::KASPContainer
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#line_1_name Bio::DB::Primer3::SNP
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#line_2 Bio::DB::Primer3::SNP
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#line_2 Bio::DB::Primer3::KASPContainer
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#line_2_name Bio::DB::Primer3::SNP
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#local_position Bio::PolyploidTools::SNP
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#map_order Bio::PolyploidTools::Marker
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#markers Bio::PolyploidTools::ArmMap
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#mask_aligned_chromosomal_snp Bio::PolyploidTools::SNP
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#mask_aligned_chromosomal_snp Bio::PolyploidTools::NoSNPSequence
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#max_hits Bio::PolyploidTools::ExonContainer
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#max_hits Bio::PolyploidTools::SNP
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#mean Array
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#method_missing Bio::DB::Primer3::PrimerPair
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#method_missing Bio::DB::Primer3::Primer
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#method_missing Bio::DB::Primer3::Primer3Record
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#orientation Bio::DB::Primer3::SNP
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#orientation Bio::DB::Primer3::Primer3Record
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#orientation Bio::PolyploidTools::SNP
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#original Bio::PolyploidTools::SNP
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#original Bio::PolyploidTools::Marker
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#original Bio::DB::Primer3::SNP
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#original_base Bio::BFRTools::BFRLine
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#original_name Bio::PolyploidTools::SNP
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#padded_position Bio::PolyploidTools::SNP
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#pair Bio::DB::Primer3::Primer
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#parental_1 Bio::BFRTools::Container
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#parental_1_name Bio::PolyploidTools::ExonContainer
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#parental_1_name Bio::BFRTools::Container
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#parental_1_sam Bio::BFRTools::Container
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#parental_1_sam Bio::PolyploidTools::ExonContainer
-
#parental_1_sequence Bio::BFRTools::BFRRegion
-
#parental_2 Bio::BFRTools::Container
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#parental_2_name Bio::PolyploidTools::ExonContainer
-
#parental_2_name Bio::BFRTools::Container
-
#parental_2_sam Bio::BFRTools::Container
-
#parental_2_sam Bio::PolyploidTools::ExonContainer
-
#parental_2_sequence Bio::BFRTools::BFRRegion
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#parental_sequences Bio::PolyploidTools::SNP
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#parents Bio::PolyploidTools::ExonContainer
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parse Bio::PolyploidTools::SNP
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parse Bio::DB::Primer3::SNP
-
parse Bio::PolyploidTools::Marker
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parse Bio::PolyploidTools::SNPMutant
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parse Bio::PolyploidTools::SNPSequence
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parse Bio::PolyploidTools::NoSNPSequence
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parseVCF Bio::PolyploidTools::SNP
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#parse_blocks Bio::DB::Primer3::Primer3Record
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#parse_coordinates Bio::DB::Primer3::PrimerPair
-
#parse_coordinates Bio::DB::Primer3::Primer3Record
-
parse_custom Bio::DB::Exonerate::Alignment
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parse_file Bio::DB::Primer3::Primer3Record
-
parse_file Bio::DB::Primer3::SNP
-
#parse_header Bio::DB::Primer3::Primer3Record
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#parse_sequence_snp Bio::PolyploidTools::SNPMutant
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#parse_sequence_snp Bio::PolyploidTools::SNPSequence
-
#parse_sequence_snp Bio::PolyploidTools::NoSNPSequence
-
#parse_snp Bio::PolyploidTools::NoSNPSequence
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#parse_sugar Bio::DB::Exonerate::Alignment
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#parse_vulgar Bio::DB::Exonerate::Alignment
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#parsed_flanking Bio::PolyploidTools::SNPMutant
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#parsed_start Bio::PolyploidTools::SNPMutant
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#percentage_covered Bio::Blat::Report::Hit
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#pi Bio::DB::Exonerate::Alignment
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#polymorphism Bio::DB::Primer3::Primer3Record
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#position Bio::DB::Primer3::SNP
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#position Bio::BFRTools::BFRLine
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#position Bio::PolyploidTools::SNP
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#position_in_mask_from_template Bio::PolyploidTools::PrimerRegion
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prepare_input_file Bio::DB::Primer3
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#primer3_errors Bio::DB::Primer3::SNP
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#primer3_line_1 Bio::DB::Primer3::SNP
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#primer3_line_2 Bio::DB::Primer3::SNP
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#primer_3_all_strings Bio::PolyploidTools::SNP
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#primer_3_all_strings Bio::PolyploidTools::NoSNPSequence
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#primer_3_min_seq_length Bio::PolyploidTools::SNP
-
#primer_3_min_seq_length Bio::PolyploidTools::ExonContainer
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#primer_3_string Bio::PolyploidTools::SNP
-
#primer_error Bio::DB::Primer3::Primer3Record
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#primer_fasta_string Bio::PolyploidTools::SNP
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#primer_region Bio::PolyploidTools::SNP
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#primer_region Bio::PolyploidTools::NoSNPSequence
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#primers_line_1 Bio::DB::Primer3::SNP
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#primers_line_2 Bio::DB::Primer3::SNP
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#print_fasta_contigs_for_markers Bio::PolyploidTools::ArmMap
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#print_fasta_contigs_from_reference Bio::PolyploidTools::ArmMap
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#print_fasta_markers Bio::PolyploidTools::ArmMap
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#print_fasta_snp_exones Bio::PolyploidTools::ExonContainer
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#print_features Bio::DB::Exonerate::Alignment
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#print_header Bio::BFRTools::BFRContainer
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#print_map_with_contigs Bio::PolyploidTools::ArmMap
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#print_primer_3_exons Bio::PolyploidTools::ExonContainer
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#print_primers Bio::DB::Primer3::KASPContainer
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#print_primers Bio::DB::Primer3::SNP
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#print_primers_with_tails Bio::DB::Primer3::KASPContainer
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#print_stats Bio::BFRTools::BFRContainer
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#process_region Bio::BFRTools::BFRContainer
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#processed_regions Bio::BFRTools::Container
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#product_length Bio::DB::Primer3::Primer3Record
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#product_size Bio::DB::Primer3::SNP
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#properties Bio::DB::Primer3::Primer3Record
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#putative_snps Bio::BFRTools::Container
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#ql Bio::DB::Exonerate::Alignment
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#query Bio::DB::Exonerate::Alignment
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#query_coverage Bio::DB::Exonerate::Alignment
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#query_end Bio::DB::Exonerate::Vulgar
-
#query_end Bio::DB::Exonerate::Alignment
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#query_id Bio::DB::Exonerate::Vulgar
-
#query_id Bio::DB::Exonerate::Alignment
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#query_length Bio::DB::Exonerate::Vulgar
-
#query_length Bio::DB::Exonerate::Alignment
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#query_position_on_target Bio::DB::Exonerate::Alignment
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#query_region Bio::DB::Exonerate::Vulgar
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#query_start Bio::DB::Exonerate::Vulgar
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#query_start Bio::DB::Exonerate::Alignment
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#query_strand Bio::DB::Exonerate::Alignment
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#ratios_bulk_1 Bio::BFRTools::BFRRegion
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#ratios_bulk_2 Bio::BFRTools::BFRRegion
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read_primer_preferences Bio::DB::Primer3
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#realigned_primers Bio::DB::Primer3::SNP
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#realigned_primers_fasta Bio::DB::Primer3::SNP
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#record Bio::DB::Primer3::PrimerPair
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#record Bio::DB::Exonerate::Vulgar
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#reference Bio::PolyploidTools::ArmMap
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#reference Bio::BFRTools::Container
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#reference_db Bio::BFRTools::Container
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#reference_sequence Bio::BFRTools::Container
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#region_size Bio::PolyploidTools::SNPMutant
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#regions Bio::DB::Primer3::SNP
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#remove_alignments_over_max_hits Bio::PolyploidTools::ExonContainer
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#repetitive Bio::PolyploidTools::SNP
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#repetitive Bio::DB::Primer3::SNP
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#return_primer_3_string Bio::PolyploidTools::SNP
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#return_primer_3_string Bio::PolyploidTools::NoSNPSequence
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#reverse_complement_string Bio::PolyploidTools::SNP
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reverse_complement_string Bio::DB::Primer3::Primer3Record
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#right Bio::DB::Primer3::PrimerPair
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#right_coordinates Bio::DB::Primer3::Primer3Record
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#right_padding Bio::PolyploidTools::SNP
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#right_primer Bio::DB::Primer3::Primer3Record
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#right_primer_delete Bio::DB::Primer3::Primer3Record
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run Bio::DB::Primer3
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#score Bio::DB::Primer3::Primer3Record
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#score Bio::DB::Exonerate::Alignment
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#scores Bio::DB::Primer3::Primer3Record
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#scores Bio::DB::Primer3::KASPContainer
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#second_primer Bio::DB::Primer3::SNP
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#second_product Bio::DB::Primer3::SNP
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#sequence Bio::PolyploidTools::Marker
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#sequence Bio::PolyploidTools::PrimerRegion
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#sequence_original Bio::PolyploidTools::SNPSequence
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#sequence_original Bio::PolyploidTools::NoSNPSequence
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#sequences_to_align Bio::PolyploidTools::SNP
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#sequences_to_align Bio::PolyploidTools::NoSNPSequence
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#setTemplateFromFastaFile Bio::PolyploidTools::SNP
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#set_value Bio::DB::Primer3::Primer
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#short_s Bio::PolyploidTools::SNP
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#size Bio::DB::Primer3::Primer3Record
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#size Bio::DB::Primer3::PrimerPair
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#snp Bio::DB::Primer3::SNP
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#snp Bio::PolyploidTools::SNP
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#snp Bio::PolyploidTools::Marker
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#snp Bio::DB::Primer3::Primer3Record
-
#snp_1kbp Bio::BFRTools::BFRRegion
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#snp_count Bio::BFRTools::BFRRegion
-
#snp_from Bio::DB::Primer3::SNP
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#snp_hash Bio::DB::Primer3::KASPContainer
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#snp_id Bio::PolyploidTools::Marker
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#snp_id_in_seq Bio::PolyploidTools::SNP
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#snp_in Bio::PolyploidTools::SNP
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#snp_in_gap Bio::DB::Exonerate::Vulgar
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#snp_map Bio::PolyploidTools::ExonContainer
-
#snp_name Bio::PolyploidTools::Marker
-
#snp_pos Bio::PolyploidTools::PrimerRegion
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#snp_type Bio::DB::Primer3::SNP
-
#snp_type Bio::PolyploidTools::SNP
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snps_between Bio::Sequence
-
snps_between Bio::BFRTools::Container
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stats Bio::PolyploidTools::Mask
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#sum Array
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#surrounding_exon_sequences Bio::PolyploidTools::SNP
-
#surrounding_masked_chromosomal_snps Bio::PolyploidTools::SNP
-
#surrounding_parental_sequences Bio::PolyploidTools::SNP
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#tail_candidates Bio::PolyploidTools::PrimerRegion
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#target Bio::DB::Exonerate::Alignment
-
#target_end Bio::DB::Exonerate::Vulgar
-
#target_end Bio::DB::Exonerate::Alignment
-
#target_flanking_region_from_position Bio::DB::Exonerate::Vulgar
-
#target_id Bio::DB::Exonerate::Vulgar
-
#target_id Bio::DB::Exonerate::Alignment
-
#target_length Bio::DB::Exonerate::Vulgar
-
#target_position_from_query Bio::DB::Exonerate::Vulgar
-
#target_region Bio::DB::Exonerate::Vulgar
-
#target_start Bio::DB::Exonerate::Vulgar
-
#target_start Bio::DB::Exonerate::Alignment
-
#target_strand Bio::DB::Exonerate::Alignment
-
#tarpostion_from_query_position Bio::DB::Exonerate::Alignment
-
#template_length Bio::DB::Primer3::SNP
-
#template_sequence Bio::PolyploidTools::SNP
-
#template_sequence Bio::PolyploidTools::Marker
-
#tl Bio::DB::Exonerate::Alignment
-
to_IUAPC Bio::NucleicAcid
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#to_csv Bio::BFRTools::BFRRegion
-
#to_csv Bio::PolyploidTools::Marker
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to_exo Bio::DB::Blast
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#to_fasta Bio::PolyploidTools::SNP
-
#to_fasta Bio::PolyploidTools::Marker
-
#to_fasta Bio::PolyploidTools::PrimerRegion
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#to_json Bio::BFRTools::BFRRegion
-
#to_multi_fasta Bio::BFRTools::BFRRegion
-
#to_polymarker_coordinates Bio::PolyploidTools::SNP
-
#to_polymarker_sequence Bio::PolyploidTools::SNP
-
#to_s Bio::DB::Primer3::SNP
-
#to_s Bio::DB::Exonerate::Vulgar
-
#to_s Bio::PolyploidTools::SNP
-
#to_s Bio::PolyploidTools::NoSNPSequence
-
to_sugar Bio::DB::Blast
-
to_vulgar Bio::DB::Blast
-
#total_length Bio::BFRTools::Container
-
#type Bio::DB::Primer3::Primer3Record
-
#upper_case_count String
-
#use_reference Bio::PolyploidTools::SNP
-
#used_contigs Bio::DB::Primer3::SNP
-
#values Bio::DB::Primer3::SNP
-
#variation_base Bio::BFRTools::BFRLine
-
#variation_free_region Bio::PolyploidTools::SNP
-
#vulgar_block Bio::DB::Exonerate::Alignment
-
#wheat_arm Bio::Blat::Report::Hit
-
#wheat_chr Bio::Blat::Report::Hit
-
#wheat_chr_arm Bio::Blat::Report::Hit
-
#wheat_chr_group Bio::Blat::Report::Hit
-
#wheat_genome Bio::Blat::Report::Hit