Method List

Classes Methods Files

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#assembler_opts Assemblotron::Controller
#assemblers Assemblotron::Controller
class_from_type Assemblotron::Controller
#construct_command SoapDenovoTrans
#create_config SoapDenovoTrans
#final_assembly Assemblotron::Controller
#get_assembler Assemblotron::Controller
#global_opts Assemblotron::Controller
header Assemblotron::Controller
#include_defaults SoapDenovoTrans
#init_settings Assemblotron::Controller
#initialize SoapDenovoTrans
#initialize Assemblotron::System
#initialize Assemblotron::Controller
#initialize Assemblotron::Sample
#list_assemblers Assemblotron::Controller
#load_assemblers Assemblotron::Controller
#load_config Assemblotron::Controller
#options_for_assembler Assemblotron::Controller
os Assemblotron::System
#run SoapDenovoTrans
#run SGA
#run AssemblyScore
#run Abyss
#run ReadJoiner
#run Assemblotron::Controller
#run VelvetOases
#run_soap SoapDenovoTrans
#setup_full SoapDenovoTrans
#setup_optim SoapDenovoTrans
#setup_soap SoapDenovoTrans
#subsample Assemblotron::Sample
#subsample_input Assemblotron::Controller
wordsize Assemblotron::System