Module: Mspire::Isotope::AA

Defined in:

lib/mspire/isotope/aa.rb

Constant Summary

ATOM_COUNTS_STR =

These represent counts for the individual residues (i.e., no extra H and OH on the ends)

{
  'A' => { :c =>3, :h =>5 , :o =>1 , :n =>1 , :s =>0 , :p =>0, :se =>0 },
  'R' => { :c =>6, :h =>12 , :o =>1 , :n =>4 , :s =>0 , :p =>0, :se =>0 },
  'N' => { :c =>4, :h =>6 , :o =>2 , :n =>2 , :s =>0 , :p =>0, :se =>0 },
  'D' => { :c =>4, :h =>5 , :o =>3 , :n =>1 , :s =>0 , :p =>0, :se =>0 },
  'C' => { :c =>3, :h =>5 , :o =>1 , :n =>1 , :s =>1 , :p =>0, :se =>0 },
  'E' => { :c =>5, :h =>7 , :o =>3 , :n =>1 , :s =>0 , :p =>0, :se =>0 },
  'Q' => { :c =>5, :h =>8 , :o =>2 , :n =>2 , :s =>0 , :p =>0, :se =>0 },
  'G' => { :c =>2, :h =>3 , :o =>1 , :n =>1 , :s =>0 , :p =>0, :se =>0 },
  'H' => { :c =>6, :h =>7 , :o =>1 , :n =>3 , :s =>0 , :p =>0, :se =>0 },
  'I' => { :c =>6, :h =>11 , :o =>1 , :n =>1 , :s =>0 , :p =>0, :se =>0 },
  'L' => { :c =>6, :h =>11 , :o =>1 , :n =>1 , :s =>0 , :p =>0, :se =>0 },
  'K' => { :c =>6, :h =>12 , :o =>1 , :n =>2 , :s =>0 , :p =>0, :se =>0 },
  'M' => { :c =>5, :h =>9 , :o =>1 , :n =>1 , :s =>1 , :p =>0, :se =>0 },
  'F' => { :c =>9, :h =>9 , :o =>1 , :n =>1 , :s =>0 , :p =>0, :se =>0 },
  'P' => { :c =>5, :h =>7 , :o =>1 , :n =>1 , :s =>0 , :p =>0, :se =>0 },
  'S' => { :c =>3, :h =>5 , :o =>2 , :n =>1 , :s =>0 , :p =>0, :se =>0 },
  'T' => { :c =>4, :h =>7 , :o =>2 , :n =>1 , :s =>0 , :p =>0, :se =>0 },
  'W' => { :c =>11, :h =>10 , :o =>1 , :n =>2 , :s =>0 , :p =>0, :se =>0 },
  'Y' => { :c =>9, :h =>9 , :o =>2 , :n =>1 , :s =>0 , :p =>0, :se =>0 },
  'V' => { :c =>5, :h =>9 , :o =>1 , :n =>1 , :s =>0 , :p =>0, :se =>0 },
  'U' => { :c =>3, :h =>5 , :o =>1 , :n =>1 , :s =>0 , :p =>0, :se =>1 },
  'O' => { :c =>12, :h =>19 , :o =>2 , :n =>3 , :s =>0 , :p =>0, :se =>0 }
}

ATOM_COUNTS_SYM =

Hash[ATOM_COUNTS_STR.map {|k,v| [k.to_sym, v]

ATOM_COUNTS =

string and symbol access of amino acid (atoms are all lower case symbols)

ATOM_COUNTS_SYM.merge ATOM_COUNTS_STR