Class: GffContig

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Object
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Defined in:
lib/gene_assembler/gff_contig.rb

Instance Method Summary collapse

Instance Method Details

#report(contig, seqid, parent, name_mode) ⇒ Object 



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# File 'lib/gene_assembler/gff_contig.rb', line 9

def report(contig,seqid,parent,name_mode)
  features_parent=nil
  seq=nil # Para especificar la secuencia del contig o del hit
  
  #Contig
  if !parent.nil? #Caso de q cada contig sea una unidad independiente
    seqid=parent #Se redefine el seqid  con el nombre del contig q actua de parent
    if !contig.seq.nil? #Se especifica secuencia para el contig hijo ya q Gbrowse toma como secuencia aquella perteneciente al parent, por lo q hay especificar la secuencia del contig en el gff
      seq=contig.seq
    end
  end
  parent_hit=nil
  contig_text=[]
  if parent.nil? #Caso de cada contig sea una unidad independiente
    parent_hit=contig.name
    text="#{seqid}\tunknown\t#{contig.type}\t1\t#{contig.length}\t.\t+\t.\tID=#{contig.name};Name=#{contig.name}"
    contig_text << text
  end
  
  #Hit
  gff_hit=GffHit.new
  contig.each_hit{|hit| 
    text,features_parent= gff_hit.report(hit, parent_hit, seqid, contig.name, name_mode, seq) #En caso de que un contig dependa de otro, features_parent proporcio
    contig_text << text
  }

  #Frameshift
  gff_frameshift=GffFrameshift.new
  contig.each_q_frameshift{|fs|
    contig_text << gff_frameshift.report(fs,features_parent,seqid)
  }  

  #Stop
  gff_stop=GffStop.new
  contig.each_stop{|stop|
    contig_text << gff_stop.report(stop,features_parent,seqid)
  }  
  
  #SNP
  gff_snp=GffSNP.new
  contig.each_snp_with_index{|snp,n|
    contig_text << gff_snp.report(snp, features_parent, seqid,n)
  }
  
  #GO
  gff_go=GffGo.new
  contig.each_go{|go|
    contig_text << gff_go.report(go, features_parent, seqid)  
  }

  #Localization
  gff_localization=Localization.new
  contig.each_localization_with_index{|localization,n|
    contig_text << gff_localization.report(localization,features_parent, seqid, contig, n)  
  }
  
  return contig_text
end