Documentation for bio-maf (1.0.1)

Alphabetic Index

File Listing

Namespace Listing A-Z

Top Level Namespace

A

Access (Bio::MAF)
AllSpeciesFilter (Bio::MAF)
AtLeastNSequencesFilter (Bio::MAF)

B

BGZFChunkReader (Bio::MAF)
Bio
BioMaf
Block (Bio::MAF)

C

ChunkReader (Bio::MAF)
CompletionTracker (Bio::MAF)

D

DummyExecutor (Bio::MAF)
DummyParser (Bio::MAF)

E

EmptySequence (Bio::MAF)
Executor (Bio::MAF)

F

FASTARangeReader (Bio::MAF)
FASTAWriter (Bio::MAF)
Filter (Bio::MAF)
Filters (Bio::MAF)
ForkRunner (Bio::MAF)

G

GenomicInterval (Bio)

H

Header (Bio::MAF)

J

JExecutor (Bio::MAF)
JThreadRunner (Bio::MAF)
JobRunner (Bio::MAF)

K

KEY (Bio::MAF::KVHelpers)
KVHelpers (Bio::MAF)
KyotoIndex (Bio::MAF)

M

MAF (Bio)
MAFParsing (Bio::MAF)
MaxSizeFilter (Bio::MAF)
Member (Bio::MAF)
MinSizeFilter (Bio::MAF)

P

ParseContext (Bio::MAF)
ParseError (Bio::MAF)
Parser (Bio::MAF)

S

Sequence (Bio::MAF)
Struct (Bio::MAF)

T

ThreadedChunkReaderWrapper (Bio::MAF)
Tiler (Bio::MAF)

U

Ucsc (Bio)
UcscBin (Bio::Ucsc)

V

VAL (Bio::MAF::KVHelpers)

W

Writer (Bio::MAF)